Любопытным фактом из творческой биографии Святослава Леонидовича является его участие в 15-летнем возрасте (в 1926 году) во Всесоюзном конкурсе на проект мавзолея В.И. Ленина в Москве на Красной площади, причем его проектное предложение вошло в число 25 лучших из представленных на конкурс. В этом проекте мавзолей решался в виде высотного многоярусного сооружения, завершенного статуей В.И. Ленина и перекликался с композицией башен московского кремля. Аналогичная композиция в 1937 году была представлена арх. Б. Иофаном, по которому началось строительство главного здания страны — Дворца Советов…

В 1928 году по семейной традиции Святослав Леонидович едет в далекий Ленинград, твердо решив получить профессию архитектора.
В 1932 году он закончил архитектурно-проектировочный факультет института коммунального строительства, а в 1936 году Академию художеств там же в Ленинграде. В Академии он учился на одном курсе с будущими известными в стране зодчими: Рафаелом Исраэляном (Народный архитектор СССР), Виктором Владимировичем Лебедевым (академик РААСН), Яковом Николаевичем Лукиным (ректор Ленинградского высшего художественно-промышленного училища им. В.И. Мухиной) и др., дружбу с которыми он пронес через все жизнь. Получив диплом и квалификацию архитектора– художника, в 1930-е годы С. Агафонов работает в Ленгипрогоре над первым в ХХ веке генеральным планом города Горького, занимается проблемами реконструкции его центра, а затем возвращается на родину, где работает в Горпроекте, проектируя поселки, жилые дома и общественные здания.

Склонность к аналитическому мышлению привела в 1940 году Святослава Леонидовича в аспирантуру Академии архитектуры СССР на факультет истории и теории архитектуры. Но война 1941-1945 годов прервала мирную жизнь, учебу и научные исследования. С.Л. Агафонов возвращается в Горький, работает в службе маскировки города, где пригодились знания и умения архитектора и инженера.
После окончания войны С.Л. Агафонов возобновляет учебу в Москве, глубоко изучает русскую деревянную архитектуру - бесценное достояние нашего народа. В 1946 году Академией архитектуры он был назначен руководителем научной экспедиции по исследованию деревянного зодчества Костромской области, в результате которой был собран уникальный материал по неизвестным памятникам средневековой Руси, находящимся, в основном, в аварийном состоянии. По материалам обмеров были выполнены проектно-реставрационные чертежи, представляющие значительную ценность для истории архитектуры. Предметом научных исследований Святослава Леонидовича также были древние оборонительные сооружения. Став специалистом по русскому средневековому зодчеству, он уже был готов приступить к восстановлению Нижегородского кремля.

С. Л. Агафонов стоял у истоков реставрационного дела в городе Горьком. В 1949 году здесь был организован участок Республиканской специальной научно-реставрационной производственной мастерской. Реставрационные работы по кремлю начались после постановления Совета Министров РСФСР от 30 января 1949 года. Тогда московский архитектор И.В. Трофимов начал обследование памятника. После его отъезда в Москву в 1951 году С.Л. Агафонов в качестве уже главного архитектора и научного руководителя реставрационной мастерской возглавляет реставрацию кремля. Эта работа становится основным смыслом его жизни.

В то время, когда зодчий-реставратор приступил к восстановлению ансамбля, обобщающие труды по русским средневековым крепостям еще отсутствовали. С.Л. Агафонову пришлось самостоятельно заниматься научным исследованием существующих во многих городах России оборонительных сооружений древнерусского зодчества. Он также досконально изучил средневековые крепости Италии и ряда городов Европы, их историю, планировочную структуру, композиционные особенности, архитектуру, системы фортификации, средневековое оружие. Это позволило ученому компетентно подойти к проблемам реставрации Нижегородского кремля. В частности, он первым наглядно изобразил на чертежах принципы устройства подъемных мостов, опускных решеток и воротных камер в проездных башнях кремля.

Нижегородский кремль являлся не единственным объектом его реставрационных работ. Научно-реставрационная деятельность С.Л. Агафонова связана также с возрождением памятников архитектуры Нижнего Новгорода и городов Нижегородской области: Михаило-Архангельского собора на территории Нижегородского кремля, строгановских церквей в Гордеевке и на Рождественской улице, Печерского Вознесенского и Благовещенского монастырей, Успенской церкви на Ильинской горе, нижегородских «белокаменных палат» ХVII века, Никольской и Спасской церквей в Балахне, Макарьевского Желтоводского монастыря, усадьбы Пушкиных в Болдине и др.
С 1965 года С.Л. Агафонов руководил архитектурной секцией Горьковского отделения Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры, через которую прошли многочисленные проекты восстановления объектов культурного наследия Нижегородского края.

Свой богатый опыт архитектора-практика и инженера-строителя С.Л. Агафонов передавал молодежи, начав свою педагогическую деятельность еще в 1943 году. В 1966 году в Горьковском инженерно-строительном институте (ныне ННГАСУ) открылась обучение по архитектурной специальности, и одним из ведущих педагогов института стал профессор С.Л. Агафонов. В 1971 году он защитил научную диссертацию по Нижегородскому кремлю, обобщив бесценный опыт восстановления этого уникального памятника фортификационного искусства.

На архитектурном факультете Святослав Леонидович читал курс лекций по истории русской и всемирной архитектуры, вел курсовое и дипломное проектирование, организовывал экспедиции по изучению памятников деревянного зодчества в Архангельской, Вологодской, Костромской и Горьковской областях. Вместе профессором Ю.Г. Самойловым он составил первый подробный аннотированный список памятников архитектуры нашей области.

За большие заслуги перед родным городом С.Л. Агафонов был удостоен звания «Почетный гражданин Нижнего Новгорода».

С.Л. Агафонов был всесторонне одаренным человеком. Талант инженера, архитектора, художника, ученого и педагога соединились в нем органично. Его творческое наследие воплотилось в постройках и проектах, в восстановленных памятниках, обретших второе рождение, в его книгах, в его учениках - продолжателях благородного дела.
Высокая человеческая культура в сочетании со скромностью, добротой и подлинным профессионализмом привлекали к Святославу Леонидовичу коллег, которые шли к мэтру и патриарху нижегородской архитектуры за консультацией и советом. В нижегородской архитектуре он олицетворял знания и мудрость.