Склонность к аналитическому мышлению привела в 1940 году Святослава Леонидовича в аспирантуру Академии архитектуры СССР на факультет истории и теории архитектуры. Но война 1941-1945 годов прервала мирную жизнь, учебу и научные исследования. С.Л. Агафонов возвращается в Горький, работает в службе маскировки города, где пригодились знания и умения архитектора и инженера.